登場キャラクターの総数は、20人強である。本作のオリジナルキャラクターは、調和の神「コスモス」と混沌の神「カオス」の2名である。コスモス陣営は基本的に旧作の主人公、カオス陣営は主人公と因縁がある人物(主に旧作のボスキャラクター)で構成される。キャラクターの性格や設定は旧作とほぼ同一であるが、出生やキャラクター同士の関係などの細かな点については本作オリジナルの調整が加えられている。デザインは、天野の原画と旧作ゲーム内で使用された絵の双方に配慮し、どちらか片方に寄り過ぎることがないよう「中間」を意識して描かれている。統一感を出すためのアレンジは若干加えられているものの、元絵に無い物を描き足すことは原則なされていない。各キャラクターには、同キャラ対戦用に「アナザーコスチューム」と呼ばれる衣装等が異なる別モデルが存在し、こちらも旧作で馴染みのある設定が取り入れられている。旧作主人公たちは剣装備を主体とした正統派のキャラクターが多いため、キャラクター性能は差を明確にすべくコンセプトをそれぞれ定め、個性を伸ばす肉付けが施されている。コスモス陣営については、キャラクターに思い入れのあるファンも多いため「好きなのに扱えない」といった事が起きないように操作が比較的容易となっている。反対にカオス陣営は「玄人好み」のクセの強い操作性のキャラクターが多い。
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